Demokrasi Terpimpin

Pemberontakan yang gagal di Jawa Barat, Sumatera, Sulawesi dan pulau-pulau lainnya yang dimulai sejak 1958, ditambah kegagalan MPR untuk mengembangkan konstitusi baru, serta melemahkan sistem parlemen Indonesia. Akibatnya pada 1959 ketika Presiden Soekarno secara unilateral membangkitkan kembali konstitusi 1945 yang bersifat sementara, yang memberikan kekuatan presidensil yang besar.

Dari 1959 hingga 1965, Presiden Soekarno berkuasa dalam rezim yang otoriter di bawah label "Demokrasi Terpimpin". Dia juga menggeser kebijakan luar negeri Indonesia menuju non-blok, dan kebijakan tersebut didukung para pemimpin penting negara-negara bekas jajahan yang menolak aliansi resmi dengan Blok Uni Timur / Soviet maupun Blok Barat / Eropa dan Amerika. Selain menyatakan dukungannya terhadap Soekarno, Para pemimpin tersebut juga berkumpul di Bandung pada tahun 1955 dalam KTT Asia-Afrika untuk mendirikan fondasi yang kelak menjadi Gerakan Non-Blok.

Baca Juga : 8 Pemberontakan di Indonesia yang Paling Membahayakan

Nasib Irian Barat

Pada saat kemerdekaan, pemerintah Belanda mempertahankan kekuasaan terhadap belahan barat pulau Nugini (Papua), dan mengizinkan langkah-langkah menuju pemerintahan-sendiri dan pendeklarasian kemerdekaan pada 1 Desember 1961. Negosiasi dengan Belanda mengenai penggabungan wilayah tersebut dengan Indonesia gagal, sehingga indonesia harus mengambil Irian Barat lewat jalur militer, Pada 18 Desember pasukan penerjun payung Indonesia mendarat di Irian Barat yang kemudian terjadi kontak senjata antara pasukan Indonesia dan Belanda pada 1961 dan 1962. Pada 1962 Amerika Serikat menekan Belanda agar setuju melakukan perbincangan rahasia dengan Indonesia yang menghasilkan Perjanjian New York pada Agustus 1962, Sehingga Indonesia dapat mengambil alih kekuasaan terhadap Irian Barat pada 1 Mei 1963. 

Konfrontasi Indonesia-Malaysia

Soekarno menentang pembentukan Federasi Malaysia dan menyebut bahwa hal tersebut adalah sebuah "Rencana Neo-Kolonial" untuk memuluskan rencana komersial Inggris di wilayah tersebut. Selain itu dengan dibentuknya Federasi Malaysia dianggap soekarno akan memperluas pengaruh imperialisme negara-negara Barat di kawasan Asia dan memberikan celah kepada negara Australia dan Inggris untuk mempengaruhi perpolitikan regional Asia.

Menanggapi keputusan PBB untuk mengakui kedaulatan Malaysia dan mengijinkan Malaysia menjadi anggota tidak tetap Dewan Keamanan PBB, presiden Soekarno mengumumkan pengunduran diri Indonesia dari keanggotaan PBB pada tanggal 20 Januari 1965 dan mendirikan Konferensi Kekuatan Baru (CONEFO) sebagai tandingan PBB dan GANEFO sebagai tandingan Olimpiade. Pada tahun itu juga konfrontasi ini kemudian mengakibatkan pertempuran antara pasukan Indonesia dan Malaysia (yang didukung penuh oleh Inggris).

Gerakan 30 September

Hingga 1965, PKI telah menguasai banyak dari organisasi massa yang dibentuk Soekarno untuk memperkuat dukungan terhadap rezimnya dan, dengan restu dari Soekarno, memulai kampanye untuk membentuk "Angkatan Kelima" dengan mempersenjatai pendukungnya. Akan tetapi para petinggi militer menentang hal ini.

Pada 30 September 1965, enam jendral senior dan beberapa orang lainnya dibunuh dalam upaya kudeta yang disalahkan kepada para pengawal istana yang loyal kepada PKI. Panglima Komando Strategi Angkatan Darat saat itu, Mayjen Soeharto, menumpas kudeta dan berbalik melawan PKI. Soeharto lalu menggunakan situasi ini untuk mengambil alih kekuasaan. Kemudian lebih dari puluhan ribu orang yang dituduh PKI kemudian dibunuh. Jumlah korban jiwa pada 1966 diprediksi mencapai 500.000.